A história de Ghost of Tsushima gira em torno de Jin Sakai, o último samurai sobrevivente na Ilha de Tsushima, se passando durante a primeira invasão Mongol no território japonês no século XIII, mais especificamente no ano de 1274.

Com um mapa aberto que recria o ambiente do Japão Feudal, o jogador assumirá o controle de um guerreiro que luta para impedir a grande invasão liderada pelo líder brutal Khotun Khan.

Na realidade, esta batalha foi responsável por abalar todos os conceitos e ideais de um povo que se orgulhava de seu poderio militar, e que até então, nunca havia enfrentado uma ameaça tão grande em seu território.

Naquela época, o império liderado por Kublai Khan já havia conquistado uma boa parte da Europa e o Oriente quase por completo.